すべては準備万端で、何の問題もなく、あとはその瞬間を待つだけ。我々はついに、星々の遥か彼方への一歩を踏み出すのだ。向井朔はそう確信した瞬間、意識を失った。地下の冷凍睡眠装置で目が覚め、考古学者を名乗る少女ーアンリに連れ出されて地上に出ると、そこには奇妙な青いジェル状の生命体、手から炎の矢を打ち出す人々が。VRではない。ここは間違いなく我々の方舟な筈だ。何が起きたのか？なぜこんな世界に？唯一残された環境維持アンドロイド—機械天使ユリアに訊いても、明確な答えは出ない。全てを明かすため、朔たちは歩みを進める。